Trong những năm qua hoạt động phong trào Đoàn - Đội của trường THCS Huỳnh Thúc Kháng ngày càng được khởi sắc, chất lượng và số lượng các hoạt động không ngừng tăng lên qua đó thu hút đông đảo học sinh tham gia hưởng ứng với thái độ đầy tích cực và hứng thú. Với những hoạt động phong trào mang tính định kì như văn nghệ, thể dục thể thao, cắm trại, sinh hoạt chủ điểm dưới cờ, đố vui để học, ra quân dọn vệ sinh khuôn viên trường, những buổi sinh hoạt kỷ niệm những ngày lễ lớn của đất nước thì những hoạt động mang tính thường nhật khác như tổ chức các trò chơi dân gian trong giờ ra chơi, các buổi dịch mật thư với hiệu lệnh của còi Morse hay bằng Cờ Sesmaphore, đấu trường 100, ..vv…đã tạo nên không khí tích cực, vui tươi cho học sinh sau những giờ học căng thẳng.