Sự phát triển của Trường THCS Huỳnh Thúc Kháng có thể chia làm 3 thời kì: Từ trước năm 1975, từ ngày 29/3/1975 đến năm 1997 và từ năm 1998 đến năm 2015.
Trước ngày 29/3/1975, cơ sở trường có tên là Trường tiểu học cộng đồng Xuân Hòa, ra đời vào năm 1957, vị trí đặt ngay trên đường Điện Biên Phủ, thuộc phường An Khê cũ.
Sau ngày thành phố Đà Nẵng được giải phóng 1975, nhà trường trở lại hoạt động với tên mới là trường cấp 1 số 1 An Khê. Ngày 17/10/1975 Ty Giáo dục Quảng Đà kí Quyết định số 47 thành lập trường phổ thông cấp 2 Huỳnh Thúc Kháng, chung cơ sở trường học với trường cấp 1 số 1 An Khê tại số 59 đường Điện Biên Phủ, Đà Nẵng. Cuối học kì I năm học 1975-1976 sát nhập trường PT cấp 2 Huỳnh Thúc Kháng và trường PT cấp 1 số 1 An Khê thành Trường phổ thông cấp 1,2 Huỳnh Thúc Kháng (sau đó là trường PTCS) đặt tại số 59 đường Điện Biên Phủ, Đà Nẵng.